Florian Guthknecht hat in Augsburg und Florenz Germanistik, Geschichte und Pädagogik studiert. Seit dem Ende seines Studiums arbeitet er für verschiedene Medien wie die Süddeutsche Zeitung, aber vor allem im Bereich Fernsehen als Regisseur und Autor für arte/ARD/ZDF. Im Jahr 2002 gründete er die Flowmotion Filmproduktion und spezialisierte sich auf Natur- und Wissenschaftsdokumentationen.
Seine Filme haben mehr als 60 internationale Filmpreise gewonnen, darunter die Goldene Palme beim Festival mondial de l'image sous-marine in Antibes oder den Preis der Jugendjury beim größten deutschen Naturfilmfestival Greenscreen in Eckernförde. Beim International Wildlife Film Festival in Albert/Frankreich hat er mit verschiedenen Filmen in drei Jahren hintereinander in drei verschiedenen Kategorien die Goldene Giraffe gewonnen. Für sein jahrelanges journalistisches Engagement wurde er 2016 als erster Journalist mit der Bayerischen Staatsmedaille für besondere Verdienste um die Umwelt ausgezeichnet.
Florian Guthknecht hat mehr als 30 Dokumentationen für Formate wie „Natur Exclusiv“, „Welt der Tiere“ oder den international erfolgreichen Netflix- und ARD-Fünfteiler "Das Mittelmeer" moderiert, den er auch als federführender Autor betreute. Seit 2007 unterrichtet er an der Universität Augsburg und coacht Wissenschaftler wie die Leibniz-Preisträgerin Nicole Dubilier für Medienauftritte.